การควบคุมวัตถุดิบจะเข้มงวดมากหรือน้อยขึ้นอยู่กับธรรมชาติของวัตถุดิบ ( ของแห้ง, ของสด, สารเคมี ) และ กระบวนการในการผลิต ( ในกระบวนการผลิตจะมีการฆ่าเชื้อหรือไม่ )ความเป็นไปได้ในการเกิดอันตราย และความเสี่ยงที่จะเกิดผลร้ายต่อองค์กรในด้านความปลอดภัยของอาหาร

การกระทำการวิเคราะห์ทางด้านเคมีและกายภาพ อาจมีความจำเป็นเพื่อยืนยันความสอดคล้องกับสเปควัตถุุดิบต่างๆ

การตรวจรับวัตถุดิบไม่ว่าการตรวจพินิจ การตรวจใบรับรอง ผลCOA ต่างๆเป็นเพียงส่วนเดียวของการควบคุมวัตถุดิบ ในขั้นตอนนี้มีอีกประเด็นสำคัญคือ การป้องกันการปนเปื้อน

โดยมากแล้วรถขนส่งวัตถุดิบมักออกจากโรงงาน ก่อนที่ QCจะทำการตรวจรับหรือตรวจสอบสินค้าืที่ได้จัดส่ง โดยเฉพาะสินค้าที่อยู่ในพาเลท สภาพรถขนส่งมีความสำคัญอย่างยิ่ง เนื่องจากอาจทำให้วัตถุดิบตกสเป็ค โดยก่อให้เกิดการปนเปื้อนของสัตว์หรือแมลงพาหะ ทั้งนี้เนื่องจากรถขนส่งวิ่งจากโรงงานหนึ่งไปอีกที่หนึ่ง จึงเป็นแหล่งที่ก่อให้เกิดการปนเปื้อนจากสัตว์พาหะ จุลินทรีย์ เคมีและกายภาพ จากที่หนึ่งไปอีกที่หนึ่งเสมอ สภาพรถขนส่งจึงต้องได้รับการตรวจสอบโดยมีระบบในการตรวจสอบ บันทึก :

• ลักษณะทางกายภาพของรถที่ปรากฎ ความสะอาดโดยรวม สภาพของสีรถ การเีสียหายจากการเฉี่ยวชน (พนักงานขับรถที่รักษารถเป็นอย่างดี มีแนวโน้มในการรักษาผลิตภัณฑ์ที่ตนเองขนส่งเป็นอย่างดีเช่นกัน)
• สภาพความสมบูรณ์ของโครงสร้างรถขนส่งหรือตู้คอนเทนเนอร์ ตัวอย่างเช่นพื้นรถเทรลเลอร์ที่เป็นไม้ หากเกิดเสียหายอาจส่งผลทำให้ผลิตภัณฑ์เสียหายระหว่างขนส่งและเป็นแหล่งที่สัตว์พาหะแฝงตัว
• การปรากฎพบมีน้ำบนพื้นในรถบรรทุก โดยเฉพาะอย่างยิ่งประเภทหัวลาก, trailer beds ที่เปียกสามารถบ่งบอกการปนเปื้อนต่างๆจากสภาพอากาศ ความชื้นได้ การขาดการป้องกันทีดี อาจทำให้วัตถุดิบที่ขนส่งเกิดการเปียกชื้น เช่นการเติบโตของเชื้อราบนบรรจุภัณฑ์ได้ 
• การปรากฎของน้ำในตู้สินค้า น้ำในตู้สินค้าอาจจะเกิดจากการประตูไม่สามารถปิดสนิท (seal) หรืออาจเกิดช่องให้อากาศเข้าไปได้
• รถขนส่งที่ไม่ได้ใช้ขนส่งเฉพาะวัตถุดิบสำหรับอุตสาหกรรมอาหาร อาจทำให้เกิดการปนเปื้อนต่อสินค้า และหลังจากนั้นสิ่งสกปรกจะติดกับวัตถุดิบไปที่ี่โกดังและสุดท้ายเข้าสู่พื้นที่การผลิต รถประเภทนี้ต้องได้รับการตรวจสอบความสะอาดและร่องรอยความสกปรกที่ติดมากับกล่องภาชนะที่บรรจุอย่างเข้มงวด
• รถบรรทุกสารเคมีและวัตถุดิบชนิดเหลว และ ผง (tanker ) เป็นรถขนส่งที่ต้องได้รับการตรวจสอบอย่างละเอียด เนื่องจากง่ายต่อการสร้างการปนเปื้อนสู่วัตถุดิบที่่กำลังขนส่งเช่น

สภาพและความสะอาดของซีลยาง รวมถึงผิวด้านในของฝาครอบเปิดปิดต่างๆ ที่ซึ่งสามารถบ่งบอกความเป็นไปได้ในการปนเปื้อน โดยเฉพาะด้านจุลินทรีย์ รวมถึงความสะอาดของวาล์วรวมถึงท่ออ่อน hoses สามารถบ่งบอกถึงความเป็นไปได้ในการปนเปื้อนด้านจุลินทรีย์

สภาพของท่อทางhoses และ ซีลยางต่างๆที่แตกเสียหาย สามารถบอกร่องรอยของการปฏิบัติงานที่ไม่ถูกต้อง (เช่น มีการตกกระแทกพื้น) สภาพความสะอาดของท่ออ่อนสามารถก่อให้เกิดการปนเปื้อนเข้าสู่ถังและออกจากถังบรรจได้โดยตรง)

• รถบรรทุกที่ขนส่งสิ้นค้าประเภทพาเลทนั้นมีประเด็นที่ต้องใส่ใจตรวจสอบมีดังนี้

- สภาพความสมบูรณ์ของพาเลท เป็นสิ่งที่สามารถบ่งบอกการปนเปื้อนได้ หากฉีกขาดโดยปกติแล้ววัตถุดิบที่วางบนพาเลทมักมีการห่อหุ้มด้วยฟิล์มเสมอ ในกรณีที่ไม่มีการห่อหุ้ม อาจมีความเป็นไปได้ในการเกิดการปนเปื้อนกับวัตถุดิบระหว่างขนส่งในขั้นตอนต่างๆ  โดยไม่ีสามารถตรวจพบ เช่นถุงกระสอบแป้งรั่วที่เกิดจากการเกี่ยวกับของมีคม มีการกระแทกของงารถโฟล์คลิฟล์
- ต้องไม่มีคราบสิ่งสกปรกและสิ่งปนเปื้อนเช่นมูลนก ที่สามารถเกิดขึ้นระหว่างการจัดเก็บหรือระหว่างการขนส่ง สิ่งสกปรกอาจจะถูกสะสมหรือกระจายสู่พาเลทได้
- ต้องปราศจากร่องรอยการเจริญเติบโตของเขื้อจุลินทรีย์ อาหารสามารถปนเปื้อนด้วยความเปียกชื้น โดยเฉพาะวัตถุดิบที่มีความไวในการดูดซับความชื้นและสามารรถทำให้เชื้อจุลินทรีย์เจริญเติบโตได้ง่าย
- ต้องปราศจากการปนเปื้อนทางด้านสารเคมี พาเลทที่ใช้ หากก่อนหน้านี้มีการนำไปใช้ในการขนส่งสารเคมีต่างๆ เช่น solvent , petroleum oils ซึ่งสามารถที่จะดูดซับเข้าไปสู่บรรจุภัณฑ์และวัตถุดิบได้
- ต้องปราศจากการปนเปื้อนสัตว์พาหะ ซึ่งอาจปนเปื้อนสัตว์พาหะที่มีชีวิต ซากสัตว์พาหะที่ตายแล้ว หรือปนเปื้อนโดยมูลสัตว์
 - ต้องไม่มีสภาพความเสียหายของพาเลท พาเลทที่ี่เสียหายอาจทำให้มีเศษไม้ เสี้ยนไ้ม้ ตะปู หลุดเข้าไปในโรงงาน ก่ิอให้เกิดการปนเปื้อนวัตถุดิบและสุดท้ายก็จะเกิดการปนเปื้อนกับผลิตภัณฑ์ได้
 - การปนเปื้อนของสัตว์พาหะเป็นอีกประเด็นหนึ่งที่ต้องพิจารณาระหว่างการตรวจรับวัตถุดิบเข้า ซอกมุมรอบพับของบรรจุภัณฑ์ พาเลทมักเป็นแหล่งหลบซ่อนของแมลง
- พาเลทที่เป็นไม้ มีความเสี่ยงต่อมอดแมลงในเนื้อไม้พาเลทที่มีความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนเข้าสู่พื้นที่ ควรมีการปรับปรุงสภาพเนื้อไม้โดยการรมควันด้วย methyl bromide 
 

เกณฑ์ในการการตรวจสอบวัตถุดิบขึ้นอยู่กับธรรมชาติของวัตถุดิบนั้นๆ  ซึ่งเกณฑ์ที่ใช้ในการพิจารณาโดยทั่วไปจะสัมพันธ์กับประเด็นด้านสุขลักษณะของวัตถุดิบ ด้านเคมี จุลินทรีย์และกายภาพ ซึ่งเกณฑ์ในการตรวจสอบนี้อาจรวมถึง

• อุณหภูมิสินค้าขณะรับ เป็นประเด็นสำหรับผลิตภัณฑ์ที่ถูกแช่เย็นและผลิตภัณฑ์แช่แข็ง เนื่องจากอุณหภูมิที่ไม่เป็นไปตามที่กำหนด จะก่อให้เกิดปัญหาด้านความปลอดภัยของอาหาร และ/หรือ ปัญหาทางด้าน hygiene เช่น เกิดเชื้อจุลินทรีย์ ต้องมีระบบในการบันทึกอุณหภูมิระหว่างขนส่งหรือต้องทำการตรวจวัด
• ต้องไม่มีร่องรอยการปนปื้อนของสัตว์พาหะ ไม่ว่าแมลงพื้นฐานตามชนิดของวัตถุดิบ( มอด) หรือ สัตว์พาหะที่เพิ่มขึ้นมาจากการจัดเก็บ ขนส่งที่ไม่ดีพอ
• ต้องปราศจากปนเปื้อนด้านเชื้อจุลินทรีย์เช่น ร่องรอยของราที่เจริญเติบโตบนบรรจุภัณฑ์ที่เกิดจากความชื้น
• ต้องปราศจากการปนเปื้อนทางด้านสารเคมี ไม่ว่าเป็นสารเคมีทำความสะอาด ปนเปื้อนจากน้ำมันเครื่อง บรรจุภัณฑ์ปนเปื้อนเลอะจากหมึกพิมพ์
• ปราศจากกลิ่น กลิ่นสามารถเกิดจากสัมผัสกับสารเคมี น้ำมัน สี หรือกลิ่นจากผักเน่าเสีย
• ปราศจากการปนเปื้อนทางกายภาพเช่น ไม้ โลหะ พลาสติก สิ่งสกปรก หิน เป็นต้น

เมื่อวัตถุดิบได้รับการตรวจสอบและยืนยันว่าเป็นไปตามข้อกำหนดการตรวจรับ จึงจะ็สามารถเคลื่อนย้ายเข้าไปเก็บ    สำหรับวัตถุดิบที่ยังมีการขนถ่ายลง แต่ยังไม่ได้รับการตรวจสอบหรือการทดสอบยังไม่เสร็จสิ้น ให้จัดเก็บในพื้นที่สำหรับ hold ไว้เท่านั้น อย่างไรก็ดีสินค้าที่เป็นแบบ bulk อาจไม่สามารถกระทำได

จากทั้งหมดนี้ ท่านจะเห็นได้ว่า แค่การทำให้มีกระดาษที่เรียกว่า COA นั้นเป็นเพียงน้อยนิด สำหรับระบบการจัดการเพื่อทำให้มั่นใจในความปลอดภัยในอาหาร ซึ่งในบางกรณีกระดาษที่เรียกว่า COA อาจไม่มีส่วนในการสร้างความปลอดภัยในอาหารด้วยซ้ำไป