ความเข้าใจในรูปแบบการจัดเก็บ จะสามารถออกแบบระบบการจัดการความปลอดภัยในอาหารได้อย่างเหมาะสม  รูปแบบของการจัดเก็บวัตถุดิบมีความหลากตามประเภทของวัตถุดิบแต่ละชนิด ซึ่งมีประเด็นความเสี่ยงในแง่ความปลอดภัยในอาหารที่แตกต่างกัน

1. Dry Store : การจัดเก็บประเภทของแห้งและจัดเก็บที่อุณหภูมิปกติ

วัตถุดิบประเภทแป้ง และ ingredient ที่เป็นผง โดยทั่วไปจะมีรูปแบบบรรจุถุงและวางบนพาเลท อุณหภูมิของการเก็บประเภทนี้ควรจะอยู่ที่ 15 ถึง 25 องศาเซลเซียส ประเทศไทยมีภูมิอากาศแบบบร้อนชื้นที่มีี่อุณหภูิมิสูงกว่า 25 องศาเซลเซียส ซึ่งอาจก่อให้เกิดปัญหาการควบแน่นของไอน้ำได้ไม่ว่าที่ผิวด้านนอกหรือด้านใน (ระเหยออก หรือควบแน่นที่ผิวด้านในของถุงบรรจุ) ปัญหาการควบแน่นนี้ี่อาจเกิดขึ้นจาก การที่อุณหภูมิมีความแตกต่างกันในช่วงวัน ซึ่งในบางสภาวะความชื้นสามารถควบแน่นผิวด้านในของถุง จะก่อให้เกิดสภาพที่เหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของเชื้อจุลินทรีย์ โดยเฉพาะรา เนื่องจากมีการเพิ่มขึ้นของ water activity ( aw )

ในพื้นที่ที่เก็บวัตถุดิบแห้งนี้ บางครั้งจะมีวัสดุอื่นๆเช่น กระป๋อง บรรจุภัณฑ์ และสารเคมี สำหรับสารเคมีไม่ว่ามีรูปแบบบรรจุเป็นถุง แกลลอน หรือถังขนาดใหญ๋ทีต้องใช้โฟคลิฟขน จะต้องไม่มีีการเก็บสารเคมีทุกรูปแบบปะปนกับอาหารและบรรจุภัณฑ์ในทุกกรณี

2. Chilled Strore: แช่เย็น

โดยทั่วไปแนวทางในการกำหนดอุณหภูมิแยกกลุ่มคร่าวๆดังนี้

Type-1 : บางชนิดต้องเก็บไว้ที่อุณหภูมิ -1 องศาเซลเซียสถึง +2 องศาเซลเซียส กลุ่มนี้เป็นผลิตภัณฑ์ที่ง่ายต่อการเน่าเสียอย่างรวดเร็ว และมีอายุการเก็บสั้น เช่น เนื้อสด สัตว์ปีก และเครื่องในสัตว์ ผลิตภัณฑ์เนื้อสด เช่นไส้กรอก และเบอร์เกอร์ ปลาสด หอย และปลารมควัน

Type-2 :ผลิตภัณฑ์ที่ไม่้มีสารกันบูดหรือป้องกันการเสื่อมสลาย การแช่เย็นขึ้นอยู่กับรูปแบบของการเก็บรักษาป้องกันผลิตภัณฑ์ และควรถูกจัดเก็บที่ 0 องศาเซลเซียส ถึง +5 องศาเซลเซียส ตัวอย่างเช่นอาหารที่ทำให้สุกและพาสเจอร์ไรส์แล้ว ได้แก่จำพวกเนื้อ / ผลิตภัณฑ์เนื้อ นมดิบและนมพาสเจอร์ไรส์ full fat, solf cheese เป็นต้น

Type-3 : เป็นผลิตภัณฑ์ที่ต้องการเพิ่มอายุการเก็บ โดยทำการเก็บรักษาไว้ที่ 0 องศาเซลเซียส ถึง +8 องศาเซลเซียส ตัวอย่างเช่น เนืื้อที่ฝ่านการหมัก และ ผลิตภัณฑ์เนื้อ, hard cheeses, processed cheeses ,butter , margarine, fat spreads and fats ผักและผลไม้ สำหรับผักและผลไม้บางประเภทที่มีเนื้ออ่อนและผัก เช่น กล้วย สับปะรด ลูกพีช แตงโม runner bean และ พริกไทย อาจจะต้องรักษาไว้ในช่วงอุณหภูมิสูง เพื่อไม่ให้เกิดการเสียสภาพจากการแช่เย็น

3. Freezer Store : การจัดเก็บแบบแช่แข็ง

ในช่วงอุณหภูมิที่กว้างตั้งแต่ -18 องศาเซลเซียส ถึง -40 องศาเซลเซียส มักใช้กับวัตถุดิบที่ต้องการจัดเก็บเป็นเวลานาน เช่น butter , fats and oils,เนื้อสัตว์, ปลา

4. อื่นๆ

่วัตถุดิบจะถูกขนส่งในรูปแบบที่แตกต่าง กลุ่มที่ี้เป็นพวกของเหลวหรือเป็นผง และถูกบรรจุใน bulk tanker เช่น นม, fats and oils, โกโก้, กลูโคสและมอลต์ และพวกที่เป็นของแข็งเช่น นมผง, น้ำตาลเม็ด, ช็อคโกแลตที่เป็นอาหารขบเคี้ยว และแบบที่เป็นผงละเอียด วัตถุดิบประเภทนี้มักถูกจัดเก็บในไซโลและในถังขึ้นอยู่กับวัตถุดิบแต่ละชนิด ในบางกรณีไซโลอาจจะต้องบุฉนวนเพื่อป้องกันการเสื่อมเสียจากความร้อน เช่น นมต้องเก็บที่อุณหภูมิต่ำกว่า 5 องศาเซลเซียส อาจต้องทำการหุ้มฉนวนเพื่อให้มีการหมุนเวียนความร้อนของของเหลวและคงรักษาของอุณหภูมิที่เหมาะสม สำหรับน้ำมันพืชต้องเก็บไว้ที่ี่ 65 องศาเซลเซียส เพื่อป้องกันการเกิด crystallisation และ solidification

ในการขนถ่ายวิธีการนำน้ำนมดิบที่เป็นของเหลวหรือนมผงจากรถขนส่งไปสู่ที่จัดเก็บ นมดิบที่เป็นของเหลวจะใช้วิธีการปั๊มผ่าน flexible และ rigid pipe และนมผงจะขนถ่ายโดย air blowing ผ่าน flexible และ rigid pipe ด้วยเหตุผลนี้ ความสะอาดของท่อที่ขนส่งควรจะได้รับการดูแลเอาใจใส่ ซึ่งมักมีี้การทำความสะอาดที่ไม่เพียงพอ

สถานที่เก็บวัตถุดิบควรจะถูกออกแบบให้สามารถป้องกันการปนเปื้อนข้ามระหว่างวัตถุดิบด้วยกัน หรือวัตถุดิบกับวัสดุอื่นๆ อุปกรณ์ที่ใช้ในการจัดเก็บไม่ว่าชั้นวาง ถังบรรจุ พาเลท ถุง ต้องไม่มีสิ่งที่ก่อให้เกิดอันตรายได้